Durante la época virreinal, el territorio que constituía la Audiencia de Charcas o el Alto Perú, dependiente en un primer momento del Virreinato del Perú, desde 1776 pasó a formar parte del Virreinato de Buenos Aires. Este territorio fue independizado en 1826, naciendo la República de Bolivia. Años más tarde, surgiría un proyecto político ambicioso cuyo propulsor principal fue el mariscal boliviano Andrés de Santa Cruz, que propugnaba la creación de un estado confederado sobre la base de los territorios del Perú y Bolivia, históricamente unidos por diversos lazos, especialmente étnicos, culturales y económicos. Esta integración buscaba entre otras cosas restaurar los antiguos circuitos mercantiles establecidos en ambos territorios desde tiempos ancestrales, así como promover una política de libre comercio con el extranjero. Luego de un intenso periodo de crisis política, la Confederación quedó establecida en 1836, conformada por tres estados confederados: el Estado Nor Peruano, el Estado Sur Peruano, y Bolivia.

La conformación de esta nueva nación, tuvo importante acogida en los departamentos del sur peruano al poder beneficiarse del libre comercio, pero en cambio no fue bien recibida por la élite limeña y del norte peruano, que tradicionalmente habían mantenido un intercambio comercial cerrado con Chile, país que a su vez vio a esta confederación como una amenaza para sus intereses económicos.

Los Enemigos de la Confederacion:

Se habían afincado en Chile numerosos políticos y militares peruanos adversarios a Santa Cruz, cobijados muy astutamente por el ministro Portales. Un grupo lo constituían los vivanquistas (seguidores del general Vivanco), con el mismo Vivanco a la cabeza y sus colaboradores Martínez y Felipe Pardo. También se hallaban los adeptos a Agustín Gamarra (quien se refugio al principio en Guayaquil), tales como Bujanda, Torrico, Negrón, Frisancho, Frías, Lasarte, Arrisueño, etc. El otro grupo, más cercano a Portales, estaba dirigido por La Fuente,. Dice Rubén Vargas Ugarte, S.J.: "Nada había que atenuara el crímen de los emigrados: a fin de conseguir su propósito no se unían solamente con los enemigos que el protector tenía en el Perú y Bolivia, sino que acudieron a Chile a mendigar el apoyo de ese país, aprovechando el odio acérrimo de Portales contra el Perú

Derrota de Manuel Blanco Encalada y Tratado de Paucarpata:

Por su parte, el gobierno chileno y los peruanos opositores de la Confederación prepararon una expedición que al mando del almirante Manuel Blanco Encalada desembarcó en el sur peruano y avanzó sobre Arequipa. Tras permanecer en esa ciudad durante más tiempo la fuerza expedicionaria de Blanco Encalada fue obligada a rendirse, por el mariscal Santa Cruz, firmando el Tratado de Paucarpata, el 17 de noviembre de 1837 y reembarcándose con destino a su país. El tratado fue posteriormente repudiado por el gobierno chileno, que envió un escuadrón compuesto por cinco buques de guerra al mando del marino británico Robert Simpson para hostigar la costa peruana. A estas naves le salió al encuentro en las afueras del puerto peruano de Islay un escuadrón peruano formado por la corbeta “Socabaya” y los bergantines “Junín” y “Fundador” a órdenes del capitán de fragata Juan José Panizo. Simpson intentó destruir esa fuerza naval el 12 de enero de 1838, pero Panizo logró maniobrar inteligentemente durante varias horas logrando poner a salvo a sus naves ante un enemigo superior en número y fuerza. Aquella acción, conocida como el Combate Naval de Islay, fue un triunfo peruano, que concluyó con la retirada de los buques chilenos.